המדען הראשי במשרד התמ"ת, ד"ר אלי אופר, מנהל מגעים עם אגף תקציבים במשרד האוצר לקבלת תוספת של 400 מליון שקל ל-2009. התוספת מיועדת לכלל התוכניות של המדען הראשי, כולל החממות הטכנולוגיות, ולא מיועדות לא רק למענקי מחקר ופיתוח.

לצורך כך הציג באחרונה המדען הראשי נתונים המעידים על עלייה של 53% בבקשות לקבלת תקציב (הכוללות עלייה של 20% בסכומי הבקשות). במשרד האוצר לא מאשרים בינתיים את התוספת. תקציב המדען הראשי לשנה הנוכחית אזל, כמו בכל שנה, עוד לפני סופה. אשתקד נגמר התקציב כבר במהלך חופשת הקיץ. השנה, אף שהתקציב היה נמוך בפועל מתקציב 2008, הוא הספיק לכשלושה חודשים נוספים לעומת 2008. בהסכמת משרד האוצר, ניצל המדען הראשי 300 מיליון שקל שהגיעו לו במסגרת עסקת חבילה שגובשה בין הממשלה, המעסיקים וההסתדרות, אך טרם אושרה בכנסת.

תקציב המדען הראשי לשנת 2008 עמד על כ-1.5 מיליארד שקל, שכללו תוספת חד פעמית של 315 מיליון שקל. תקציב המדען הראשי ל-2009 עומד על 1.47 מליארד שקל לפני הקיצוץ הרוחבי המתוכנן.